Neziskový sektor tvorí široké spektrum rôznych organizácií, ako občianske združenia, profesijné komory, odborové organizácie, nadácie, neinvestičné fondy, politické strany a hnutia, cirkvi a náboženské spoločnosti, neziskové organizácie poskytujúce všeobecne prospešné služby, verejné vysoké školy a iné subjekty. Legislatíva upravújúca činnosť neziskového sektora je taká rozsiahla (vyše 50 zákonov), že bez špeciálnych znalostí nie je možné poskytnúť audítorské služby v tejto oblasti. Podobne ako v prípade verejného sektora, aj v oblasti neziskového sektora som držiteľom certifikátu spoločného vzdelávacieho projektu Ministerstva financií SR a SKAU pre Typológiu a financovanie, účtovníctvo a audit účtovných jednotiek nezaložených za účelom podnikania.
Povinnosť auditu v prípade organizácií neziskového sektora je uvedená väčšinou v osobitných zákonoch, ale aj výškou dotácií zo štátneho rozpočtu, z rozpočtu štátneho fondu a z rozpočtu obce, alebo nezávisle od výšky príjmov, ako je to napríklad v prípade politických strán.